新祖宫系由乾隆帝颁官帑敕建之庙宇，清乾隆五十二年(公元一七八七年)十月，大将军嘉勇公福康安率劲旅十余万，齐登鹿港，平定林爽文之举事，虽曰将士用命，亦赖神助，遂拨帑倡建，于是年十二月砌基竖梁，越年六月竣工，奉天上圣母神像入祀，俗称新宫。
庙貌较逊于旧祖宫，曾先后在嘉庆十二一年(1807年)及道光十四年(公元一八三四年)两度重修，日据时期又遭炮火摧毁，垣牖破损，梁柱倾斜，墙壁斑驳脱落，各地信众于光复后醵资重修，面貌一新；1970年重建拜亭、前殿广场、及右侧堂庑，惟古朴之石材及福杉已被变卖，改用砖块、水泥铺设，已失雅致美观；近年又改建牌楼，整修成今貌。
